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【オーダーパラメータの解析手法】

本ページでは、GROMACSで得られたトラジェクトリーからオーダーパラメータを求めるための一手順を紹介。
実行するには、使用するPCが以下の条件を満たしている必要がある。
　・GROMACSがインストールされていること（バージョン4.6以下）
　・Octaveが使用できること
        GNU Octave: https://www.gnu.org/software/octave/

1. tprファイルとtrrファイルが保存されているディレクトリに移動

2. 分子長軸ベクトルを定義するために、コア部における二つの末端原子の原子番号が書かれたインデックスファイルを
   作成
    $ make_ndx_d -f ＊.tpr -o end-atom_idx.ndx    (＊には適当なファイル名を入れる)
      >a C1 | a C2    (抽出したい原子名がC1とC2の場合なので、適宜変更する)
      >del 0-2            (必要に応じて最初から存在しているグループ0-2を削除)
      >q                   (保存して終了)

3. 2.で作成したインデックスファイルに書き込まれた原子のみについて座標が保存されているファイルを作成
    $ trjconv_d -s ＊.tpr -f ＊.trr -n end-atom_idx.ndx -pbc whole -novel -o ＊.g96

4. 3.で作成したテキストファイルから、原子座標のみを取り出す
   $ awk '{if (NF == 3) print($0)}' ＊.g96 > trj.g96

5. Octaveで書かれたプログラム(こちらからダウンロード)を使って、4.で作成した座標ファイルからオーダーパラメー
   タを算出して、”result_OP.xvg”というテキストファイルで保存
   $ octave -qf octave_OP.m | awk '{print $1}' > result_OP.xvg

*ocatve_OP.mは、産総研米谷慎博士の記事（https://staff.aist.go.jp/makoto-yoneya/pdf/ekisho10Jan2.pdf）
を参考にして作成しております。
米谷慎博士のご厚意に感謝申し上げます。

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